- Secretaria de Governo/SEGOV
- Secretaria da Educação/SEDUC
- Secretaria da Saúde/SESAU
- Secretaria da Fazenda/SEFAZ
- Secretaria de Assuntos Jurídicos/SAJUR
- Secretaria das Administrações Regionais/SEADRE
- Secretaria de Meio Ambiente/SEMAM
- Secretaria de Trabalho e Desenvolvimento Humano/SETRADH
- Fundo Social
- Secretaria de Turismo/SETUR
- Secretaria de Esportes/SEESP
- Secretaria de Segurança Pública/SEGUR
- Departamento de Comunicação
- Departamento de Compras
- Cerimonial
- Contabilidade
- Coordenadoria Municipal de Defesa Civil (COMDEC)
- Departamento de Receita
- Inspetoria Fiscal
- Divisão de Dívida Ativa
- Divisão de Cadastro Fiscal
- Divisão de Tributação
- Obras Públicas
- Conselho Municipal de Desportos de São Sebastião
