Em razão de várias denúncias de roubo de equipamentos, a Prefeitura de São Sebastião, por meio da Secretaria de Serviços Públicos – Regional Maresias, realizou a retirada de todos os pequenos equipamentos, como registros, válvulas, motores, bombas, filtros e as tubulações externas da Estação de Tratamento de Esgoto (ETE) de Maresias. Os equipamentos estão sendo guardados e catalogados na Administração Regional do bairro.
Segundo o diretor de Obras, Augusto Terada, um Processo Judicial solicitando a rescisão contratual com a Empresa TRIX Engenharia Civil Ltda. se encontra em andamento.
Em 16 de julho de 2007 foi celebrado um Contrato de Repasse entre a União, por intermédio do Ministério do Turismo, representado pela Caixa Econômica Federal e o Município de São Sebastião, com a finalidade de transferência de recursos financeiros da União para a execução de implantação de rede coletora de esgotos e ETE em Maresias.
Com os recursos financeiros da União foi processada uma Concorrência e firmado contrato com a empresa Trix, em 18 de dezembro de 2009, com prazo inicial de oito meses a partir da emissão da Ordem de Início dos serviços, no valor de R$ 1.741.880,24 e mais R$ 412.157,00 referente a aditivo, totalizando R$ 2.154.037,24, para implantação de rede coletora de esgoto e estação de tratamento de esgotos em Maresias.
Em 13 de abril de 2010 foi emitida a ordem de início dos serviços, portanto o prazo contratual inicial era até 12 de dezembro de 2010.
Tendo o prazo contratual encerrado em 28/04/13, após vários termos de aditamento, foi constatado que a ETE, que foi parcialmente implantada, não é a mesma do objeto da licitação; que o item 28.1.1 da planilha de orçamento contratada não foi executado; que o tratamento do lançamento dos efluentes até o Rio Ipiranga não foi executado; que não foram executados os serviços de: treinamento para manutenção e operação do sistema, licenciamentos , elevatória, quadros de comando, instalações hidráulicas e elétricas, e que não foram entregues os cadastros das redes coletoras de esgotos implantadas. A empresa foi notificada pelo descumprimento contratual e várias vezes para a retomada dos serviços e conclusão da ETE, mas em nenhum momento atendeu estas notificações.